在裁撤湘军的同时，他还奏请曾国荃因病开缺，回籍调养。此时，曾国荃在攻陷天京的所作所为，一时间成为众矢之的。同时，清政府对他也最为担心，唯恐他登高一呼，从者云集，所以既想让他早离军营而又不让其赴浙江巡抚任。无奈，曾国藩只好以其病情严重，开浙江巡抚缺，回乡调理。很快清政府便批准了曾国藩所奏，并赏给曾国荃人参六两，以示慰藉。而曾国荃却大惑不解，愤愤不平溢于言表，甚而在众人面前大放厥词以发泄其不平。
所以，曾国藩只好劝慰他，以开其心窍：“弟何必郁郁！从古有大劳者，不过本身一爵耳，吾弟于国事家事，可谓有志必成，有谋必就，何郁郁之有？”
在曾国荃41岁生日那天，曾国藩还特意为他创作了七绝十二首以示祝寿。
曾国藩的至诚话语，感动得曾国荃热泪盈眶，据说当读至“刮骨箭瘢天鉴否，可怜叔子独贤劳”时，竟然放声恸哭，以宣泄心中的抑郁之气。随后，曾国荃返回家乡，但怨气难消，以致大病一场。从此，辞谢一切所任，直至同治五年春，清政府命其任湖北巡抚，他才前往上任。
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