在裁撤湘军的同时,他还奏请曾国荃因病开缺,回籍调养。此时,曾国荃在攻陷天京的所作所为,一时间成为众矢之的。同时,清政府对他也最为担心,唯恐他登高一呼,从者云集,所以既想让他早离军营而又不让其赴浙江巡抚任。无奈,曾国藩只好以其病情严重,开浙江巡抚缺,回乡调理。很快清政府便批准了曾国藩所奏,并赏给曾国荃人参六两,以示慰藉。而曾国荃却大惑不解,愤愤不平溢于言表,甚而在众人面前大放厥词以发泄其不平。
所以,曾国藩只好劝慰他,以开其心窍:“弟何必郁郁!从古有大劳者,不过本身一爵耳,吾弟于国事家事,可谓有志必成,有谋必就,何郁郁之有?”
在曾国荃41岁生日那天,曾国藩还特意为他创作了七绝十二首以示祝寿。
曾国藩的至诚话语,感动得曾国荃热泪盈眶,据说当读至“刮骨箭瘢天鉴否,可怜叔子独贤劳”时,竟然放声恸哭,以宣泄心中的抑郁之气。随后,曾国荃返回家乡,但怨气难消,以致大病一场。从此,辞谢一切所任,直至同治五年春,清政府命其任湖北巡抚,他才前往上任。