元朝建立后,白莲教仍被视为“异端”、“邪教”而遭朝廷禁止。元世祖时曾颁布法令,取缔包括白莲教在内的“一切左道乱正之术”[54]。元仁宗在皇庆二年(1313年)下诏,允许白莲教公开传教;对于建宁路的白莲堂及其所属的一切寺领财产,特许其免税免役。但是好景不长,元英宗至治二年(1322年),又下诏禁白莲佛事,从此白莲教就再也没有得到官方的认可。
元代的白莲教的教义中渗入了其他宗教观念,主要是弥勒降生说,后逐渐转为崇奉弥勒佛。元朝末年,各种社会矛盾日趋尖锐化,白莲教不仅成为农民起义的一面旗帜,更成为发动与组织起义的主体。元泰定二年(1325年),河南息州民赵丑厮、郭菩萨“妖言弥勒佛当有天下”[55],率众起事。元顺帝至元三年(1337年),汝宁信阳州的俸胡以弥勒佛降生相号召,“烧香惑众,妄造妖言作乱”[56],持弥勒佛小旗为号,攻城略地,建立政权。元朝廷派重兵镇压,起义终告失败。