新文化运动产生的广泛影响也与运动参加者服膺的百家争鸣理念及其实践分不开的。百家争鸣虽为古人所倡，但中国封建社会的意识形态长期独尊以孔孟之道为代表的儒学，缺乏真正百家争鸣的环境，遏制、压抑了其他思想流派的发生与发展，也不利于不同思想流派之间的交流与融合。新文化运动大大改变了这种状况，参加者可以自由发言、自由讨论，从而刺激了新思想、新观念的生长，而新思想、新观念的生长又推动了百家争鸣局面的继续与扩大。两者相辅相成，互相促进，最终谱写了近代中国思想史的新篇章。在这个过程中，蔡元培在北京大学的一系列改革为实践百家争鸣的理念写下了浓墨重彩的一页。
1917年1月，蔡元培出任中国第一所大学，也是最著名的大学——北京大学的校长。蔡是前清翰林，曾在欧洲就学游历，富有学术修养和民主精神，他还是著名的民主革命家，曾任南京临时政府教育总长，在任上推动过教育制度的改革。他出任北大校长后，根据北大现状和中国实际，对北大进行了一系列具有深远意义的改革，将北大打造成为名副其实的中国第一校。蔡元培在北大进行的诸项改革中，最有远见卓识、最富于长久影响力的，是他提出的“循思想自由原则，取兼容并包主义”的办学方针和百家争鸣的思想取向。他提出：“无论有何种学派，苟其言之成理，持之有故，尚不达自然淘汰之运命者，虽彼此相反，而悉听其自由发展。”对于革新北大的教员队伍，蔡元培并无成见，而是认为“人才至为难得，若求全责备，则学校殆难成立”；故对其“以学诣为主，在校讲授，以无背于第一种主张（思想自由）为界限。其在校外之言论，悉听自由，本校从不过问，亦不能代负责任。”根据这样的方针，他在北大既聘请了大力宣扬新思想、新观念的民主派陈独秀、李大钊、胡适、钱玄同等人，也聘请了着力维护旧思想旧观念、拖着长辫的保守派辜鸿铭、筹安会的发起人刘师培等人，还聘请了并无明显的政治主张，但学有专长的诸多学者。以国民社、新潮社为代表的学生团体在北大也非常活跃。蔡元培在北大采取的一系列改革，身体力行地实践了百家争鸣的方针，不仅改变了北大的面貌，形成了北大自由、民主的办学传统与求新、活跃的学术空气，而且其影响及于社会，对新文化运动和其后五四运动的发生和发展起到了非常明显的推动作用。因此，《新青年》作者、编者群体之不少人出自北大，五四运动以北大学生游行为先导，并非偶然。
