章太炎提出“分镇”,而“借权”的还是汉族地方督抚,又以曾国藩“俯首下心,以事辫发之孱胡”为“失机”,满、汉之间,还有界限。这样,在此后全国革命形势迅速高涨的情况下,促使他和“尊清者”划清界限,走上革命道路。
1902年章太炎第二次流亡日本时,和孙中山“定交”,渐由“革政”转入革命。并举行“支那亡国二百四十二年纪念会”,表示坚决反对清政府的反动统治,“民今方殆,寐而占梦……觉悟思之,毁我室者,宁待欧美”。“哀我汉民,宜台宜隶。鞭棰之不免,而欲参与政权;小丑之不制,而期扞御皙族,不其忸乎?”不推翻清政府,是不能挽救民族危亡的。次年,他被逮入狱。不久,孙中山发表《敬告同乡书》,号召划清革命与保皇的界限,说:“革命者,志在扑满而兴汉;保皇者,志在扶满而臣清。事理相反,背道而驰”[41]。1905年,中国同盟会成立。等到章太炎出狱赴日,革命已为时代主流,章太炎也跟随时代步伐,“入同盟会,编辑《民报》”。由上可知,他第一次赴日,还主张“革政”;第二次赴日,转入革命;第三次赴日,参加革命组织,主编革命派的机关报了。