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其次，神农氏的核心区域在“三湘四水”的湖南、云南、四川一带，大山中盛产各类药材，是中医药材的天然宝库，现代村民还使用很多原始性草本药材。同时，神农氏又是从事农业和农耕的古老职能部落，自然同各类植物接触更为密切。
再则，《神农本草经》收集365种本草药物，按药物的药理和功效，分上、中、下三类的“三品分类法”。在《神农本草经·序录》中“上药一百二十种为君，主养命以应天，无毒，久服不伤人”[15]，如人参、甘草、地黄、黄连；“中药一百二十种为臣，主养性以应人，无毒有毒，斟酌其宜”。判别药性使用如百合、当归、龙眼、麻黄、白芷、黄芩等；“下药一百二十五种为佐使，主治病，多毒，不可久服。”如大黄、乌头、甘遂、巴豆等。运用“三才”自然分类法，进行系统和科学分类。
《神农本草经》中提出“君臣佐使”的组方原则，是《神农本草经》的核心，神农氏时代中医学上最突出的成就。远古时期杂乱和繁杂的民间偏方，对本草药材的药理和药效，进行系统化的分类和组方，并且在实践中形成科学组方的标准化，对三大药类的药理、药效针对不同的病症，进行“养”和“治”两大方面的配伍，进行辨证施治。如上品药为君药，中品药为臣药，而下品药为佐使药。
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