二十年后,光武帝重整山河,建立东汉,高句丽畏惧大汉兵锋,便把都城迁到了今天的赤松郡内,定都在如今的赤松郡郡守府扶余城。
东汉末年,辽东郡被公孙度控制。高句丽曾主动与曹魏联盟攻打辽东郡,不过,还未等曹魏和高句丽的联军攻下辽东,曹魏内部生乱,高句丽便终止了与曹魏的合作,并发兵袭击了辽东东部,占领了辽东半岛,成为了横亘在草原民族与中原王朝中间的一个大国。
几年后,雄踞两辽的公孙氏向曹魏称臣纳贡,曹魏开始向高句丽反击,魏将毋丘俭东征,一战摧毁高句丽都城扶余城,迫其向曹魏称臣纳贡。
几年后,魏王见高句丽国表现得十分老实,便准许其在赤松郡重建都城,以做抵御草原民族南下的屏障。
又是几年后,诸葛亮策反辽东公孙氏,曹魏覆灭。
三国一统后,驻守在帝国北疆的公孙家族,仍然对高句丽国保持了高压态势,这段时间,北方草原部落在刘渊的南征北战下,逐渐整合成为大秦帝国,高句丽国在秦汉夹缝中间,备受煎熬。