二十年后，光武帝重整山河，建立东汉，高句丽畏惧大汉兵锋，便把都城迁到了今天的赤松郡内，定都在如今的赤松郡郡守府扶余城。
东汉末年，辽东郡被公孙度控制。高句丽曾主动与曹魏联盟攻打辽东郡，不过，还未等曹魏和高句丽的联军攻下辽东，曹魏内部生乱，高句丽便终止了与曹魏的合作，并发兵袭击了辽东东部，占领了辽东半岛，成为了横亘在草原民族与中原王朝中间的一个大国。
几年后，雄踞两辽的公孙氏向曹魏称臣纳贡，曹魏开始向高句丽反击，魏将毋丘俭东征，一战摧毁高句丽都城扶余城，迫其向曹魏称臣纳贡。
几年后，魏王见高句丽国表现得十分老实，便准许其在赤松郡重建都城，以做抵御草原民族南下的屏障。
又是几年后，诸葛亮策反辽东公孙氏，曹魏覆灭。
三国一统后，驻守在帝国北疆的公孙家族，仍然对高句丽国保持了高压态势，这段时间，北方草原部落在刘渊的南征北战下，逐渐整合成为大秦帝国，高句丽国在秦汉夹缝中间，备受煎熬。
