同时，西方资本主义势力在中国建立了一批新式博物馆，作为为西方资本主义国家服务的文化教育宣传机构。1860年，上海徐家汇耶稣教会法籍修道院院长达维（A.A.David）在华北地区开始采集大批生物标本，1868年，神甫韩伯禄（P.Habde）和白耳（P.Belal）建立了一所博物院，开了外国人在中国建博物馆的先河。这座博物馆主要收藏中国植物标本和东南亚等地物产标本。这所博物院初名徐家汇博物院，西文名称为Museum of Natural History。1930年由于旧院舍不敷使用，便在震旦大学内另建新院舍，并更名为“震旦博物院”。1874年，英国亚洲文会的傅兰雅、伟烈亚力在上海创办了格致书院，内设考古、动植物、古生物、地质等研究组织，长期搜罗中国秦汉古物、甲骨、石器等文物，其中鸟类标本最多，具有博物馆的性质。1904年，法国人在天津法租界建立了华北博物馆，藏品主要是地质及矿产标本。同年，英国浸礼会教士在济南创建广智院，陈列品主要是动物、鸟类的标本和有关地理、人文风俗、科技模型、历史文物等物品。
外国人在中国创办的这些博物馆就其实质来讲是他们掠夺中国文物资源的工具，且大都不对社会公众开放。这样，一些资产阶级知识分子出于政治上的要求，便萌生了建立中国人自己的博物馆的想法，把创办博物馆作为“新政”的一项内容，与废科举、立学堂、广译书、派留学生、设报馆等主张一起提出来加以鼓吹。1895年强学会上海分会的章程中就明确提出要开设博物馆的主张，对古今中外自然科学类的标本物品“博览兼收，以为益智集思之助”。梁启超在其论学会的文章中提出“大陈各种仪器，开博物院，以助试验”。这些维新人士关于建立博物馆的主张，得到了光绪皇帝的支持。1898年7月，清廷谕令总理衙门详定奖励章程，其中就具体规定了奖励民间举办博物馆的办法。
